自烘：大約是2000年前後，由網路論壇（爾灣、貝拉、Ptt咖啡版等等）的討論，由咖啡玩家領頭，掀起了一波新鮮自烘的風潮。如1999年在國父紀念館附近開設的La Crema及後續的Coffee Lab咖啡實驗室。而在義式咖啡的靈魂「Espresso」的供應上，則多採能榨取出更多Crema、風味更濃郁的Ristretto為主。其中在2001開設的黑潮，則喜以拉霸機供應以進口豆烹煮的Ristretto。
單品：同一時期也有些店家，在全面倒向義式咖啡的市場中，重新擁抱日式賽風烹煮的單品黑咖啡，如1999年的瑪汀妮芝、George House，還有2000年的哈亞咖啡。這一路線的插曲是，麝香貓咖啡也在這時流行起來，雖說後來引發不少爭議，但在某層意義上，或許也能視為如今精品咖啡講究「後製」手法的一種變形。
淺焙的開端：雖已講究自烘，不過這時期的咖啡無論義式或賽風普遍仍以重焙為主。直到2007年，由標榜只賣極淺焙酸咖啡的Coffee Sweet逐漸點燃淺焙咖啡的風氣，另一名低調的名店則是早在1994年開設於仁愛路的夏洛特咖啡，亦是甚早鑽研淺焙。
賽事：此時期另外一支對後進咖啡業造成莫大影響的，便是由2004年創立的Gabee.，連年拿下咖啡吧台賽事的冠軍，並代表台灣接軌國際賽事，開闢了咖啡賽事選手的道路、並藉由一眾選手與國際評審的養成，促成了台灣區各種咖啡賽事的茁壯。另也因咖啡拉花的漸受注目，吧台後進們在奶泡的處理上，也漸從90年代的乾奶泡，轉往流動性較佳的濕奶泡為主。
另，於03、04年相繼開設的湛盧與爐鍋咖啡，也都從一開始的小型獨立咖啡館，逐漸茁壯成連鎖型的店家。